Les agissements des employeurs et des gouvernements contre les syndicats depuis le début de la décennie 1980 aux États-Unis (mais aussi au Canada et en Grande-Bretagne) ont mis en doute la valeur de la théorie des systèmes. Son apparence de stabilité semble être la preuve de son incapacité à expliquer ces événements. Les velléités d'incorporer le concept de choix stratégique dans la théorie des systèmes comme façon de les interpréter exige de sérieuses considérations. Une bonne part des études théoriques, principalement en Amérique du Nord, se fonde sur la théorie des systèmes de John Dunlop. Cependant, tandis qu'on y ait allé de nombreux raffinements et de nombreuses adaptations touchant plusieurs aspects de son œuvre, on a accordé assez peu d'attention à la façon dont était traite l'« idéologie » et le « pouvoir » dans la théorie des systèmes.

Le fondement structurel fonctionnaliste de la théorie des systèmes a pressente une perception de l'idéologie et du pouvoir différent de celle des premiers auteurs à traiter des relations professionnelles. En conséquence, sa façon d'envisager le sujet peut s'analyser et se comparer à ces explications différentes. On a soutenu par comparaison que la théorie des systèmes conçoit mal l'idéologie et le pouvoir, ce qui restreint fondamentalement sa capacité d'expliquer les développements récents qui se sont produits dans le domaine des relations de travail. La définition de Dunlop de l'idéologie, soit « un ensemble d'idées et de croyances communément admises » qui font un tout du système, reflétait le point de vue de Talcott Parson selon lequel la compatibilité entre « système » et « acteur » peut être tenue pour acquise. Cette théorie, fondée sur Dunlop, a accepté en grande partie sa présupposition d'une harmonie idéologique entre les principaux acteurs. En conséquence, les comportements des employeurs et des gouvernements des deux cotes de l'Atlantique visant à circonscrire et à réduire le rôle des syndicats ne peut s'expliquer facilement. Puisque beaucoup d'entre eux sont notoirement de caractère antisyndical, on peut dire qu'ils représentent la croissance d'une discordance idéologique fondamentale.

Les principes fondamentaux du fonctionnalisme structural à l'intérieur de la théorie des systèmes excluent la possibilité de cette forme de comportement. La conception du pouvoir dans la théorie des systèmes est le deuxième point faible de sa capacité d'expliquer les comportements récents des employeurs et des gouvernements. Sa confiance au fonctionnalisme structural a incité Dunlop à concevoir le pouvoir comme inhérent au système ou à une de ses parties constitutives. Certains raffinements de la théorie des systèmes ont reconnu que le pouvoir est en réalité un élément entrelace dans les rapports entre les acteurs. Cependant, alors que le pouvoir est détenu, à des degrés divers, par tous les acteurs, on assumait que son utilisation faisait partie d'une harmonie idéologique foncière.

Le recours au pouvoir sous ses formes extrêmes, comme les grèves et les lockouts, est décrit par la théorie des systèmes comme une suspension temporaire des relations à l'intérieur d'un ensemble de rapports stables de longue durée. Les nouvelles stratégies des employeurs — la relocalisation des entreprises dans des régions où le syndicalisme est peu développe, l'attrition et la fermeture des établissements syndiques — ne peuvent facilement être classées, car leur objectif est de restreindre ou d'éliminer la nécessité de continuer à maintenir leurs relations avec les syndicats. En effet, ces stratégies sont des sanctions visant à s'opposer au maintien du régime même des relations de travail : un modèle de comportement qui est inexplicable selon la théorie même des systèmes.

En comparaison, les auteurs anciens, tels que les Webb, Commons, Hoxie, Marx et Lenine ont exprime une opinion différente sur le rôle du pouvoir et de l'idéologie. Leurs systèmes individuels théoriques peuvent les avoir incités à offrir des explications différentes, et en certains cas opposées, des relations professionnelles d'un point de vue sociologique. Toutefois, ils ont tenu à adopter des opinions semblables sur certains aspects de la nature et du rôle de l'idéologie et du pouvoir. Le pouvoir était nettement représente comme une propriété, détenue selon des degrés varies, appartenant à chacun des acteurs et non au système lui-même. L'idéologie était conçue comme un pouvoir en évolution : un mécanisme capital qui facilite l'explication du développement de la stabilité et de l'instabilité dans les relations de travail. La théorisation parmi les spécialistes des relations professionnelles en Grande-Bretagne s'inspire davantage des exposes conceptuels de Durkheim, de Marx et de Webb que du fonctionnalisme structurel et elle a par conséquent tendance à éviter les aspects téléologiques. Les facteurs qui ont amené Dunlop à opter pour le fonctionnalisme structurel comme fondement de la théorie des systèmes semblent reposer sur l'historiographie des relations du travail. Les auteurs d'autrefois interprétaient les événements selon leur propre perspective historique. Au milieu du XXe siècle, un consensus général fonde sur la législation avait remplacé les conflits aigus des époques passés entre employeurs et syndicats. Le capitalisme industriel occidental s'était avéré un succès et avait apporté des avantages matériels significatifs tant pour les employeurs que pour les syndiques. Les États-Unis en particulier jouissaient d'une suprématie technologique et économique. Les circonstances de cette période conditionnaient le choix du fonctionnalisme structurel. La décision de jeter par-dessus bord les conceptions traditionnelles du pouvoir et de l'idéologie voulait dire que la théorie des systèmes était devenue moins apte à prévoir et à expliquer le caractère dynamique des relations professionnelles, si ce n'est d'une façon non discriminante.

Les concepts relatifs au « choix stratégique » exigent un examen minutieux pour éviter un éclectisme mal motive. Quelques-uns de leurs éléments fondamentaux, soit le développement de la stratégie par les détenteurs du pouvoir (les coalitions dominantes) à l'intérieur des organisations, le développement lui-même en tant que processus modèle sur les valeurs internes et les perceptions du pouvoir touchées par les interactions du milieu ambiant dans les deux sens, servent à réaffirmer la nature politique des prises de décision en matière de relations de travail. En conséquence, cela entraine la théorie des systèmes aux idées de partage du pouvoir et au processus de prises de décision stratégiques. En tant que tel, il met en doute la valeur permanente de la théorie des systèmes en soi et la tendance des théories populaires à percevoir les employeurs dans un rôle fort réactionnaire. Cependant, la trop grande concentration sur le rôle des employeurs ne doit pas avoir pour conséquence de négliger les choix stratégiques dont les syndicats disposent.